安徽医科大学1956年经卫生部、教育部批准开始招收研究生。 1990年经国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，成为第一个具有博士学位授予权的省属高校。1996年经国务院学位委员会批准获准开展在职人员申请硕士学位工作。1998年经教育部批准，可以招生港澳台研究生。截至2006年9月，学校现有药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学、免疫学、内科学、神经病学、儿少卫生与妇幼保健学8个博士学位授权学科和64个硕士学位授权学科www.med126.com，设有临床医学、药学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站，具有临床医学专业硕士学位和公共卫生专业硕士学位（MPH)授予权，还有1个七年制本硕连读专业（临床医学)。现有博士生导师65人、硕士生导师500余人，在校博士生112人、硕士生1257人、港澳台研究生17人，另有在职攻读硕士学位研究生36人，研究生课程进修班学员600余人。
    “十五”期间我校研究生教育事业得到快速发展，在各级领导的高度重视下，我校研究生教育在规模扩大的同时，狠抓研究生培养质量。在课程设置方面，1997年以前全部研究生课程共只有27门课，1998年开设了可供研究生选修的课程达63门，2000年正式实行学分制，近5年内先后3次组织专家论证调整了研究生课程设置计划，实现了研究生课程设置“推陈出新”的良性机制。在培养管理方面，逐步规范化、科学化，1997年以前一直是纸质化管理，1998年开始使用数据库技术，2002年开始建立研究生管理信息系统。在学位授予方面，为保证学位授予质量，在研究生后期培养过程中，重点加强了开题、中期检查等工作。在论文发表要求方面，2000年以前授予学位没有公开发表论文的要求www.med126.com，自2001年开始要求硕士研究生在申请学位前必须以安徽医科大学为第一作者单位在中国科技论文统计源期刊公开发表论文一篇、博士研究生在国家级核心期刊发表论文一篇。从2003年开始，研究生发表论文的要求进一步提高，硕士研究生要在相关专业国家级核心期刊以第一作者发表论文一篇、博士研究生要在相关专业SCI收录期刊以第一作者发表论文一篇。“十五”期间研究生的科学研究工作及其所发表的大量论文对我校科学研究事业的发展起到了积极的推动作用，对实现我校由教学型大学向教学研究型大学转变做出了巨大贡献。
    “十一五”期间，在校党委和行政的正确领导下，树立科学发展观，围绕学校“做大做强”的目标，大力发展研究生教育，进一步加强学科、学位点建设，导师队伍建设www.med126.com，研究生教育管理等各个方面工作；进一步协调研究生教育规模与质量提高之间的关系，坚持“以人为本”，以全面提高研究生培养质量作为研究生教育发展的终极目标，积极引导全体研究生、研究生导师及管理人员广泛地参与研究生教育改革与发展的各个领域。通过一代代安医大人的不懈努力，将安徽医科大学建设成为国内知名的医科大学。
      目前研究生学院作为我校研究生教育的主管部门，设有招生办公室、培养办公室、学位办公室、年级办公室、就业办公室、总支办公室、学院办公室等科室。