首都医科大学中医药学院前身是北京中医学院分院，创建于1978年。1986年挂靠北京联合大学独立办学，是北京市属唯一一所培养高级中医药人才的院校，30年来为北京地区培养中医药高级专业人才3000余人，在职培训2000余人，其中相当一部分已经成为北京市中医药行业的骨干。2002年学院并入首都医科大学，成为其二级学院。
目前，学院设置行政管理机构三个，分别为学院办公室、教学科研办公室和学生工作办公室；设置教学机构3个，分别是中医系、中药系和实验教学中心。中医系有中医基础学、中医临床基础学、方剂学、针灸推拿学、医史文献学5个教研室，中药系有中药药剂学、临床中药学、中药化学、中药资源学四个教研室。学院建有首都医科大学中医药研究所，内设中医代谢病研究中心、中医脑病研究中心、中医肝病研究中心以及中药新药研发中心。在重大疾病的基础研究与临床防治方面开展研究，研制和开发新药物。
学院领导班子由正副书记、正副院长5人组成，均为兼职管理干部和学科学术带头人。班子建设着重加强独立领导学院建设与发展的能力，治院理教水平不断提高。建立了领导班子思想、组织、作风、建设的一系列规章制度，坚持党政共同负责制医.学全.在.线网站www.med126.com，完善民主集中制的各项制度；坚持集体领导、集体决议保持团结统一；廉洁从政，用党的制度和纪律规范从政行为。经受住了调整、改革的考验，逐渐成熟进步成为务实奋进的领导集体。
“十一五”期间，学院围绕建设教学研究型的“国内一流、国际知名”医科大学的战略目标，以学科建设为中心，制定了以“优、特、重”建设为核心、全面推进的策略，突出中医与中药紧密结合、基础与临床紧密结合的学科特色。学科布局明显优化，学院现有1个北京市重点建设学科—中医学，下设5个二级学科群；中药学系下设4个二级学科群。形成了优势学科-中医临床基础学科，特色学科-中医医史文献学科，重点建设学科-中药制药学科，重点扶持学科-临床中药学科，教育必需学科-中医基础学、方剂学、中药化学、中药资源学，新建恢复学科-针灸推拿学科。目前拥有中医学、中药学两个硕士一级学科授权学科，在中医临床基础、中医医史文献、中医诊断学、方剂学、中医基础理论及中药学专业招收研究生。
中医临床基础学科以经典理论指导临床证治研究为切入点，开展中医药防治肝病、代谢性疾病及老年病的研究；中医医史文献学科研究中医文献的语言规律、特点及在医学理论发展中的地位与作用，完成古医籍中重言的研究与整理，创建了中医症状语言、消渴古籍网络等数据库；中药制药学科利用制剂新技术对传统中药生产进行改革,并在提取、精制、成型、增加稳定性等方面进行应用评价和推广研究。
