进入博士研究生学习阶段课程设置和学分要求参照《南京中医药大学大学博士研究生培养暂行规定》执行。第一阶段所修的政治、英语等博士课程学分可以计入博士阶段所要求的总学分。
（四)实践环节
1、临床实践
临床轮训的科室安排：中医内科20周、中医外科8周、针灸科8周，另在中医妇科、中医儿科、中医骨伤科等科室中选择一科实习4周。有任何一科室考核不合格者，需补相应时间的临床实习。
2、教学实践
教学实践应安排在第四学年第二学期，由导师选择有关课程的1～2个章节，进行充分备课，写出教案，先在教研室试讲，然后给本科生讲课，每个研究生的教学课时6-9学时或指导本科生实验课学时12-15个学时。
（五)中期考核
按照非医学专业本科毕业生攻读中医学研究生培养计划，学生在校间学习年限为五年，实行硕博连读、中期考核筛选制度。通过中期考核者，进入博士阶段学习，选定研究方向，确定攻读博士学位指导教师。两年的课程学习及一年的临床实践后，开展中期考核，目的为了检验学生前一阶段的学习效果及考察学生是否具备继续攻读博士学位的能力，中期考核内容中包括政治思想、第一阶段课程学习情况、中医综合知识的掌握情况、临床实践能力、外语能力、学术能力等。中期考核不合格者，不能进入博士研究生阶段学习，安排半年的临床实习，临床实习结束后用一年时间在导师指导下撰写一篇硕士论文，论文答辩通过者，建议学校学位委员会授予医学科学硕士学位。未达到硕士研究生阶段学习要求者，发给结业证书。
（六)文献阅读
对文献资料的检索能力、综合组织能力的培养是研究生培养过程中的一个重要环节。研究生通过文献查询和阅读，不仅能得到资料收集、信息处理、书面成文等方面的锻炼，还可以及时了解所在学科国内外研究进展和动态。文献阅读应在指导教师的指导下进行，指导教师可根据不同的教学进程指导研究生阅读不同深度和广度的文献。博士研究生在学期间读书报告数应不少于2篇，每篇读书报告应研读不少于30篇文献（其中外文文献不少于10篇)，读书报告的篇幅不少于3000字。读书报告最终必须形成一篇综述报告，且需在一定的范围内进行研讨或发表。读书报告由导师审核并评定成绩，研究生院抽查。
（七)学术活动
研究生学术活动包括参加国内外专业学术会议、专家学术讲座，研究生院组织的非医学专业本科生攻读中医学博士研究生导师讲座，以及以学院为单位组织的研究生学术研讨活动等。申请学位论文答辩前必须参加15次以上的学术活动，提倡博士研究生积极参与所在学科的国内、国际学术会议或学术交流。博士研究生参加学术活动需填写《南京中医药大学博士研究生参加学术活动登记本》，由主办活动的单位或主讲专家签署意见，答辩前送交基础医学院研究生秘书，汇总后送交研究生院培养与学位办公室审核。在第一阶段学习期间，应在指导教师指导下至少公开发表一篇学术论文。在攻读博士研究生期间，应公开发表学术论文2篇或2篇以上。论文要求具体参见《南京中医药大学关于研究生在读期间发表学术论文的规定》。
六、学位论文工作
研究生学位论文是研究生培养质量的重要标志，是研究生全面素质的反映。它集中体现了研究生的理论基础、实际工作能力、开拓精神以及对所研究领域的熟知程度等。博士学位论文，要求作者对所研究的课题在科学或专门技术上做出创造性的成果医学全在线搜集整,理www.med126.com，并在理论或应用方面对社会主义现代化建设或本门学科发展具有较大的意义；表明作者掌握本学科坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识；具有独立从事科学研究工作的能力。博士学位论文，应在导师、指导小组的指导下，由非医学专业本科生攻读中医学博士研究生独立完成，应是一篇(或由一组论文组成的一篇)系统的、完整的、有创造性的学术论文。
通过学位论文的撰写培养研究生的创新思维、掌握科研的基本方法和独立进行研究工作的能力。在第四学年第二学期进入论文阶段，应在导师的指导下，主要从事专业的课题研究，同时学习相关的专业知识。通过查阅文献，确定研究课题，进行必要的预试，在三个月内提出开题报告，在听取有关专家意见的基础上认真进行修改，并付诸实施。
博士研究生学位论文研究工作应紧密结合生产和社会实际，论文必须经过论文开题报告、论文中期进展报告、论文预答辩、论文学术水平的评审以及论文答辩等环节。博士研究生学位论文的评审工作由研究生院负责实施。
课题研究工作应在导师和指导小组教师的指导下，由研究生自己动手独立完成。在课题研究过程中，导师要经常关心和检查进展情况，研究生应定期向导师进行汇报（至少每周一次)。在毕业前三个月完成论文的初稿，在导师指导下进行反复认真的修改，在论文答辩前一个月定稿并打印成册。
完成课程学习和临床实习，考核合格并通过博士学位论文答辩者，建议学校学位委员会授予医学科学博士学位。
论文答辩未达到博士学位水平，但已达到硕士学位论文水平者，建议学校学位委员会授予医学科学硕士学位。
七、管理工作
非医学专业本科毕业生攻读中医学博士研究生作为研究生培养模式的一种探索，其管理由学校研究生院组织、协调，基础医学院为实施单位并由学院院长主管，各导师和教研室主任具体负责，形成三级管理机制，充分发挥导师及指导小组的作用。在集中学习阶段，主要由研究生院统一管理，包括思想教育、党团组织活动和行政管理等。从第三学年第二学期始，研究生进入导师所在学院和教研室，其管理主要由学院和教研室负责，实行由相关教研室主任领导下的导师负责制，并在指导小组的协调下共同负责研究生的培养工作。
八、经费与待遇
非医学专业本科毕业生攻读中医学博士研究生的培养经费，前三年按硕士研究生标准；第三学年通过考核进入第二阶段培养后，第四、五两年按博士研究生标准。学生在校期间按有关规定享受研究生待遇。
