西多法韦
西多法韦(胞嘧啶；HPMPC)是一种核苷类似物，与核苷酸类似物相比，它含有一个磷酸盐基团，不需要病毒依赖性的磷酸化过程。细胞酶将西多法韦转化成活性二磷酸盐形式，且有很长的细胞内半衰期。体外试验西多法韦具有很大的病毒抑制谱，包括HSV-1，HSV-2，VZV，CMV，EBV，腺病毒，人类乳头状瘤病毒(HPV)和多瘤病毒。它可用于HIV患者的CMV视网膜炎。剂量为5mg/kg每周1次静滴，连用2周，然后每2周1次维持。疗效与更昔洛韦和膦甲酸相似。主要副作用包括肾功能损害，可从蛋白尿开始，用丙磺舒能预防其发生。而丙磺舒的副作用，如皮疹，头痛和发热，因过于严重而限制了它的应用。
西多法韦局部使用可用于口服或静脉阿昔洛韦不敏感的皮肤粘膜单纯疱疹。西多法韦晶体内注射(20μg)已被用于耐药CMV视网膜炎的急救用药，但即使服用丙磺舒，也可能出现包括虹膜炎和眼压降低在内的严重副作用。
寡核苷酸
这些抗过敏分子含有与靶病毒基因序列互补的脱氧核苷酸结构。与病毒RNA互补的硫代磷酸寡核苷酸在细胞培养中显示能抑制病毒复制。硫代磷酸寡核苷酸具有强有力的抑制CMV能力；它与CMV的即刻早期转录单位第2区RNA互补结合，能抑制蛋白合成。目前正在研究晶体内注射治疗CMV视网膜炎。副作用包括玻璃体炎和视网膜节段上皮点彩样改变。
免疫球蛋白
高价CMV免疫球蛋白能降低肾移植患者中CMV病变的严重程度，但未能证明HIV感染者中能预防CMV病变。一种人类单克隆抗CMV抗体可与膦甲酸或更昔洛韦一起对CMV视网膜炎进行辅助治疗。
干扰素
干扰素为受感染宿主细胞对病毒或其他外源性核酸作出应答时所释放的天然细胞产物。感染后2小时即可检测到。其复杂的作用机制虽未完全了解，但已知能选择性地阻断病毒RNA的转译和转录，使病毒停止复制，而又不影响正常宿主细胞的功能。
一种重组内源性α干扰素正被研究用于毛状细胞白血病，卡波西肉瘤，人类乳头状瘤病毒和呼气道病毒。它主要用于乙型和丙型肝炎。伴有可检测到病毒载量的HBV和HCV活动及肝功能异常的患者对干扰素反应较好。
对符合指征的HBV患者，用250万～500万u皮下或肌内注射4～6个月，能使25%～40%的患者血清HBVDNA和HBeAg转阴，肝功能和肝组织学好转。治疗慢性丁型肝炎，大剂量900万～1000万u每周3次肌内注射，常引起复发。丙型肝炎治疗，剂量为300万～600万u每周3次肌内注射6～12个月，通常能使10%～25%的患者HCVRNA水平下降，肝功能和肝组织学改变好转。副作用包括发热，寒颤，乏力，肌痛，通常发生于第一次注射后7～12小时，持续12小时。小剂量治疗丙型肝炎引起的副作用较少，但有肝炎恶化的报道。利巴韦林加干扰素治疗丙型肝炎可增加疗效。
