许多酵母菌和霉菌能引起免疫受损病人的机会性感染，甚至是威胁生命的感染。它们很少累及防御功能完整的人。酵母菌往往引起真菌血症以及皮肤和其他组织局灶性病变。白吉利丝孢酵母菌和Blastoschizomyces capitatus特别容易侵害中性粒细胞减少的病人。平滑念珠菌能引起真菌血症，尿路感染，偶尔可引起肺炎或其他局灶性病变，并且对唑类药或两性霉素B的抗药性大于白念珠菌。婴儿和接受脂质高营养静脉输液治疗的虚弱成人易患糠秕马拉色真菌血症。过去认为马内菲青霉菌是东南亚艾滋病病人的机会性病原菌，在美国也曾有过病例报道。马内菲青霉菌引起的皮肤病变可能与接触传染性软疣相似。特别是中性粒细胞减少病人，多种环境霉菌都可引起类似于侵袭性曲霉菌病，包括棱霉菌和足分枝菌所致的局灶性血管炎病变。特异性诊断需作培养和种的鉴定，这很重要，因为这些病原真菌并不是对任何一种抗真菌药物都敏感的。例如，足分枝菌属是典型的抗两性霉素B的真菌。用于治疗这一类机会性真菌感染的最佳抗真菌治疗方案尚有待确定。