人类性别决定由X和Y染色体控制。女性有两条X染色体，男性有一条X和一条Y染色体。Y染色体在46条染色体中最小，其主要功能与决定男性性别有关。X染色体在染色体中较大，包含几百个基因，许多基因与性别决定无关。

Lyon假说(X失活)　正常女性在X染色体上有两个基因位点，而男性仅有单一位点，这看起来有一个遗传剂量问题。然而，根据Lyon假说：女性体细胞中两个X染色体之一，在胚胎早期已失活。Barr小体，即女性体细胞核内的性染色质，代表着失活的一个染色体。使X染色体失活的基因已被鉴定(XIST基因)。分子遗传学研究证实，在失活的染色体上，并非所有基因都失活，但大多数基因都已失活。实际上，不管基因组中有多少条X染色体，除一条外，其余X染色体上基因大部分均失活。

X染色体失活有非常重要的临床意义。例如，相对于常染色体异常而言，X染色体异常相对来说较为良性。有三条X染色体的女性，其智力和体格通常正常，且有生育能力。相反，所有已知常染色体三体综合征的后果都非常严重。一条X染色体缺少，尽管会引起一种特定的临床综合征(如特纳综合征)，但预后相对良性，然而一条常染色体缺乏常是致命的。

X连锁隐性异常的无临床症状携带者可以用X染色体失活来解释。肌营养不良或血友病的女性杂合子通常无临床症状，但常有肌无力或出血倾向。Lyon假说提示X失活是随机的，因此，对一个个体而言，50%的母源染色体和50%的父源染色体会发生X失活。但是随机过程符合正态分布曲线。大多数母系X染色体能在女性某一特定组织失活，而父系X染色体在女性另一特定组织失活。如果碰巧，在一个杂合子的特定组织中，几乎所有失活的等位基因都是正常基因，则女性杂合子和男性杂合子患者的表现可相似。