国家中医药管理局重点学科
中医内科脑病学科
中医内科呼吸学科
中医内科内分泌学科
中医内科血液病学
中药药理学
临床中药学
中药生药学
中医基础理论
中医诊断学
针灸学
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中医内科脑病学科
北京中医药大学附属东直门医院神经内科（脑病科)， 是在全国中医医院中率先建立起来的神经内科专业科室。经过20余年的发展建设，在中医脑病的研究领域处于国内领先地位。1998年被国家中医药管理局确定为全国中医脑病医疗中心建设单位，2001年被国家中医药管理局确定为中医脑病重点学科及重点专科建设单位。神经内科（脑病科)具备经颅多普勒（TCD)、数字脑电图、肌电图等专科检查设备，设有神经心理测查室、康复训练室（PT、OT)等。专业技术人员中60%以上具有医学博士、硕士学位。
北京中医药大学中医内科是1989年国家教委确定的全国高等中医院校重点学科，2001年再次以优异的成绩进入教育部重点学科行列。脑病研究领域一直是中医内科学科建设中的第一稳定的研究方向，脑病研究室是国家中医药管理局重点建设研究室，其中的脑病实验室已通过国家中医药管理局三级实验室验收，并成为北京市普通高等学校重点实验室的重要组成部分。
中医脑病学科在学术带头人王永炎院士带领下，始终重视学科内涵建设，在80年代初就开展了中医病证规范化研究，至今已制定了第一代、第二代"中风病中医诊断疗效评定标准"及"中风病证候诊断标准"，并推广全国。以中医药治疗神经内科常见病及疑难病为主要内容，以脑血管病和老年期痴呆为重点研究方向，经过多年的科学研究和实践积累，形成了从预防、治疗到康复的系统干预方案，其中化痰通腑法及清开灵注射液治疗中风病痰热证均在理论与方法上有所突破，并在全国推广。"九五"期间又对老年期血管性痴呆进行了系统研究，并针对"毒损脑络"病机理论及"扶正护脑法"，从临床及分子生物学方面进行了探讨。在中医药治疗帕金森氏综合征、遗传性小脑共济失调、多发性硬化、肝豆状核变性等疑难性疾病方面进行了初步研究，对失眠、偏头痛等常见病症积累了丰富的治疗经验，筛选出有效方药。
"七五"以来本学科连续承担了国家科技攻关项目，已获得国家科技进步三等奖3项，省部级、市级科技成果奖20余项。已培养博士研究生32名，有6名博士后人员已出站。目前，王永炎院士做为首席科学家承担了国家重点基础研究发展规划资助项目（973)"中药方剂关键问题的基础研究"。本学科目前承担着国家"十五"攻关课题"中风病急性期综合治疗方案研究"、还承担国家自然科学基金课题2项、教育部博士点基金课题2项、人事部课题2项、国家中医药管理局课题1项、北京市科委课题1项、科技部基础性工作专项基金子课题1项、首都医学发展科研基金项目等。
中医内科呼吸学科
中医内科呼吸学科是内科学科的重要组成之一，本学科的任务主要为开展呼吸系统疾病的中医药及中西医结合防治研究，以期取得更好的临床疗效，揭示中医药防治呼吸系统疾病的机理，开发研制安全、有效的防治呼吸系统疾病的新制剂，促进呼吸学科的学术发展和理论创新。
学科于2001年批准为院级及国家中医药管理局局级重点学科。学术带头人武维屏教授为国内中医界知名教授，长期从事中西医结合工作，2001年荣获全国中医西结合贡献奖。在国内西医呼吸界也较有影响。学科带头人姜良铎教授是首批中医学博士学位获得者，长期从事热病的研究工作，有多项科研成果获省部级奖。学科内还有知名热病、呼吸病专家杜怀棠、周平安教授，及一批中青年业务骨干。学科人才梯队合理，师资水平及临床力量在国内中医界同类学科中处于领先地位。
中医内科内分泌学科
北京中医药大学东直门医院肾病内分泌科创建于七十年代初，为中医药管理局重点学科建设单位，；中国中医药学会糖尿病专业委员会主任委员、肾病专业委员会副主任委员及全国糖尿病肾病专病研究协作中心主任单位。长期以来，本学科始终以糖尿病及其多种血管神经并发症，尤其是糖尿病肾病为重点方向，逐渐形成了特色和优势，在国内外产生了良好的影响。
本学科逐步发展成为学术梯队健全合理，具有专科专病门诊、病房、实验室、研究室及血液透析室等，可培养硕士、博士研究生，设有博士后流动站的较为系统全面的中医肾病糖尿病医疗、教学、科研基地曾承担国家中医药管理局重点课题："益气养阴活血法治疗糖尿病微血管病变的研究"。研究成果荣获1998年度北京市科技进步二等奖。"九五"期间，承担了攻关课题"止消通脉宁治疗糖尿病肾病的研究"项目，并获得国家教育部科技进步二等奖。迄今已培养博士后1人、博士研究生16人、硕士研究生18人。目前在读研究生9人，其中，博士研究生1人，硕士研究生7人。并主编了中医糖尿病专业研究生教材《消渴病中西医诊治研究进展》。学科的人员结构构成，包括教授4人，副教授8人，讲师、主治医师7人，住院医师7人。其中具有博士学位者5人，硕士学位者6人。学术带头人吕仁和教授韩国等地进行讲学和医疗。1989年应邀出访阿联酋，圆满完成为其国家元首诊病的任务。（星期一上午、二、四下午应诊)学科带头人，赵进喜主任医师。
中医内科血液病学
中医内科血液学科是运用中医药基本理论，并借鉴现代医学技术与方法研究血液系统疾病病因病机、证治规律，制定疑难血液病综合诊治方案，以提高临床疗效为核心的一门临床学科。本学科能够充分发挥中医药优势，并追踪国际医学发展前沿，引进现代医学诊疗技术，以充实和丰富学科建设内涵，从而保证了临床疗效可靠性、科研成果先进性、教学体系完整性。学科的建设与发展将会对相近、相邻学科乃至其他学科发展产生重要影响和推动作用。
本学科为国家教育部重点学科"中医内科学"重要组成部分，国务院学位委员会公布的高等学校第一批硕士博士学位授权点，首批中西医结合临床学科博士后流动站。2001年被批准为国家中医药管理局重点建设学科。
著名的临床血液病专家李英林教授为学科创始人。学科在乐兆升、孙颖立、陈信义教授不懈努力下，已经形成学术相对独立，理论相对完整，技术相对完善的独立学科体系，已成为北京中医药大学第一临床医学院集医疗、教学与科研于一体的大型专业学科。本学科为中国中医药学会血液/肿瘤专业委员会副主任委员单位。学科在发展过程中已经形成了"中医药防治白血病及其相关性疾病研究、中医药治疗难治性血小板减少及其相关病症研究、中医药克服肿瘤多药耐药性研究、中医药对血液免疫调控作用研究"4个稳定的研究方向，并有支撑本研究方向的系列研究课题、科研成果、论文与专利。几年来，共承担国家"九五"攻关、"十五"攻关、国家自然科学基金委员会、教育部、卫生部、国家中医药管理局、北京中医药大学以及与国内外研究机构合作课题共20余项，获得科研成果6项、科技进步奖6项、国家三类新药证书1项，研制医院制剂1项，发表学术论文100余篇，出版专著5部，专利3项。学科依照国际范例，注重优势互补、优化资源、学科重组原则，由单纯的血液学研究延伸到相邻学科领域，与肿瘤科合并，扩展了临床治疗病种，增加了实验研究范围，并与国内知名的医疗、科研单位进行实质性临床与科研合作，同时，派出学科骨干参加几乎所有与学科发展有关的国内外大型学术研讨会，进行密集的学术交流，在中医行业起到了示范与辐射作用。
本学科具有高级职称者12名，其中，博士生导师3名，硕士生导师6名，国家药品监督管理局新药审评专家2名，在职教授均已进入了几乎所有部委级科技评审专家库。同时，在老一代专家带动和指导下，注重高层次专业人才培养，5年来，本学科点共培养硕士研究生16名，博士研究生10名；目前在校硕士研究生14名，博士研究生7名，博士后1名。本学科已成为高层次专业人才培养基地。在培养高层次专业人才的同时，重视学科梯队建设，把培养学科带头人后备力量作为主要建设目标之一。目前，以硕士、博士为群体的学术骨干已经形成，为本学科可持续发展提供了人才保障。
中药药理学
中药药理系始建于1956年，1993年确定为校级重点学科；1995年批准为"中西医结合-治则与方药"博士点2001年确定为国家中医药管理局重点学科。
中药药理重点学科建设共有人员19人，其中教授5人，副教授2人，讲师5人。
中药药理学科总面积约800平方米，科研实验室8个，包括：消化药理实验室、生物电测试实验室、脑功能实验室、血液学实验室、神经药理实验室、一般药理实验室、毒理室、细胞培养室；教学实验室3个，实验准备室1个以及动物室、药品室、教师办公室、研究生学习室、档案室等。中药药理系共有仪器设备150台件（5万元以上11台件)，总价值约250余万元。
中药药理学科面向研究生、本科生、专科生开设《药理学进展》《中药新药研究思路与方法》《药理学》《中药药理学》四门课程，每学年授课达3.6万人时数。81年起开展研究生教育，至今共培养研究生40人其中博士后2人，博士11人，硕士27人。
主要研究方向有：1)中药防治脑血管病的研究；2)中药防治胃肠系统疾病的研究；3)中药神经药理研究。近五年承担国家级课题8项、部局级课题11项、国际合作课题5项、校级课题5项、横向课题约11项；科研成果曾获国家二等奖2项、国家中药管理局科研进步三等奖2项、北京市科学进步二等奖1项、北京中医药大学科技进步一等奖1项、二等奖2项；新药研制转让成果1项。
中药药理学科经过近50年的发展，目前已形成具有一定学术特色，教学科研相结合，为国家培养高级中药药理学人才的专业学科。
临床中药学
临床中药学是研究临床中药使用规律的一门科学。其核心是中药治疗的安全性、有效性和合理性，因而对提高中医药临床疗效、减少不良反应都具有十分重要的意义。临床中药学以确保临床用药安全、有效、合理为前提，着眼于科学阐述中药药性理论，探讨中药临床有效与安全的应用原则，追踪中药疗效，评价中药多成分作用，为解决临床常见、多发、疑难病提供科学依据。
临床中药学学科多年来，在中医药理论指导下，以中药临床应用及药性理论研究为主线，形成了稳定的研究方向。其一，中药防治疑难病症的研究。其二，中药药性理论及其资源的研究。其三，中药本草及文献研究。其四，中药不良反应、毒副作用及中药药源性疾病研究。先后主持及参与国家科技部、国家自然基金等课题5项；国家中医药管理局、国家教育部、卫生部等课题16项，国际合作课题2项。其中黄栀花口服液的研究已取得新药证书并投入生产，菊苣双降胶囊的研制不仅通过了国家科技部的鉴定，而且还作为技术股份被列入校企联合项目。在国家或省级期刊上发表科学研究论文60余篇，主编和参与编写专业著作40余部。
临床中药学的老一代学术带头人颜正华教授是我国中药学高等教育学科创建人之一，素有"南凌北颜"之称他学验俱丰，德高望众，参加了《中药学》（二版、五版)教材的编写，并多次出国讲学，深受国内外同行的尊重和赞誉。为国内外兄弟院校培养了一批中药学教学、科研和中医临床的骨干。
学术带头人高学敏教授兼任中国中医药学会理事、中成药分会副主任委员、国家药品监管局中药品种保护委员会委员、药品审评专家委员会委员、科技部保密技术级专家评审组专家、卫生部药典委员会委员、麻醉药品专家委员会委员、国家中医药管理局重大疾病研究专家组成员。长期从事中医药学教学、医疗、科研工作，主要研究领域为中药学理论及临床应用研究。承担教育部博士点课题２项。出版专著13部。
学科带头人张冰教授，中药学博士，硕士生导师，是北京市普通高校优秀青年骨干教师，北京市普通高校青年学科带头人，兼任卫生部健康相关产品评审委员，全国高等中医药教学管理委员会副理事长，主持国家科技部重点攻关项目"菊苣双降胶囊药理及临床研究"等国家、部局级科研课题6项，出版著作3部，发表学术论文30余篇。
临床中药学重点学科与澳大利亚悉尼大学药理系、南京中医药大学、浙江中医学院、甘肃中医学院、山东中医药大学、黑龙江中医药大学、天津中医学院、河南中医学院等8个单位共同协作，有教授16人，副教授53人参与学科建设。推动各协作院校各研究方向的发展，形成了以我校为龙头，中西南北有机联合的研究整体。实验室总面积800M2，包括中药临床实验室、中药临床应用实验室、中药药理实验室及中药不良反应实验室等5个科研实验室。
本学科面向研究生、本科生、专科生开设《中药学》、《中药药源性疾病学》、《药性导轮》、《本草文献》、《中药现代研究与临床应用》5门课程，先后培养出博士研究生10余人，硕士研究30余人。 经过多年的建设与发展，临床中药学重点学科已具有一定的优势与特色，并通过北京中医药大学临床中药学重学科的学术特色与优势，带动协作点共同发展，使临床中药学在自身完善的同时促进中医学术发展。
中药生药学
中医基础理论
中医基础理论学科是研究中医学基本概念、基本理论、基本方法的一门基础性学科，在推动中医学术发展中起着举足轻重的作用。
本学科点是国家第一批中医学硕士、博士学位授权点，首批中医学博士后科研流动站学科点；是国家211工程重点建设学科，教育部理科基地主建单位，1993年被批准为国家中医药管理局重点建设学科；2001年成为国家教育部重点建设学科。
本学科点在王玉川、程士德、王洪图教授的带领下，为中医教育事业的发展奠定了基础，是历版《内经》教材和3~5版《中医基础理论》教材的主编单位，中国中医药学会内经专业委员会主任单位和中医基础理论专业委员会副主任单位。同时围绕中医基础理论的核心内容和前沿领域，形成了四个稳定的研究方向。（1)中医基础理论内涵和学术思想体系研究。（2)脏腑与神志项关的五脏藏神理论的研究。（3)脏腑与外环境相关的四时五脏阴阳理论的研究。（4)中医体质学说基础理论研究。建立了具有鲜明中医特色的中医藏象实验室；建立了能够完成信息数据评价、利用、挖掘的信息研究室，已开发出具有自主知识产权的中医药基础数据库系统，并通过了教育部鉴定；成立了充分体现中医人文社会科学特点的中医文化研究中心。共承担国家自然科学基金课题7项，省部级课题26项；近5年获国家和省部级科技进步奖12项，获国家发明专利3项；发表论文400余篇，出版学术著作50余部，《黄帝内经研究大成》曾获全国优秀科技图书奖暨科技进步（科技著作)一等奖。并主持了历届内经国内、国际学术研讨会，有25人赴国外进行学术讲座，起到了学术辐射作用。
本学科点现有教授12名，副教授13名，博士生导师6名，中青年教师全部具有研究生学历，具有博士学位者占80%。6人被评为全国及北京市先进教师，5名青年学者成为北京市青年骨干教师，形成了结构合理、具有较高学术水平的师资队伍。已培养硕士40名，博士20名，出站博士后2名，成为该学科创新性人才的孵化基地，为中医基础理论学科的发展做出了应有贡献。
中医诊断学
北京中医药大学中医诊断学学科创建于上世纪50年代后期，并于1981年和1991年分别被批准为硕士和博士学位授权点，建有博士后科研流动站。本学科为北京中医药大学“211工程”及国家中医药管理局重点建设学科，为教育部“国家理科基础与人才培养基地”及中医诊断学名牌课程唯一建设单位，先后为全国中医诊断学专业委员会主任委员、副主任委员单位，为国家中医药管理局中医证候病理生理三级科研实验室与中医藏象理论研究室单位。
在老一代学科学术带头人杨维益教授、季绍良教授的带领下，本学科形成了高学历 高质量的教师队伍。培养出高水平硕士、博士研究生，其中一篇论文入选“全国优秀博士学位论文”；培养出“全国百名中青年医学科技之星” 2名、“高校优秀青年教师教学科研奖”获得者1名；先后承担了包括国家“七五”攻关、国家自然科学基金委重点与面上项目在内的各级科研课题30余项；取得了省部局级以上科研与教学成果奖8项，其中“九五”期间获省部局级二等奖2项。
本学科有长期稳定的研究方向，在证候的病理生理基础研究方面已形成特色，结合现代科学技术手段与证候动物模型，通过整体、器官组织、细胞、分子等层次，揭示中医证候（脾、肝)的科学内涵。在病证相关性研究方面，对证候在疾病中的发生发展和演变的规律及症状与证候相关性进行研究。在此基础上，结合文献整理与临床流行病学方法，并引入实验室指标，探讨了中医证候（脾、肝)的规范化。在教学手段现代化方面，本学科积极开展电化教学，利用本校网络学院的优势将率先在全国开展中医诊断学的远程教学。
经过建设，本学科于2001年被教育部正式批准为国家级重点建设学科。
针灸学
针灸学是中医药学的重要组成部分，其经络腧穴理论对中医基础理论、中医诊断学、中医医史文献等学科的发展有重要意义；针灸适应症范围与中医临床各学科的病症范围基本一致，针灸疗法对某些病症的治疗具有明显优势，是传统中医药疗法德主要手段。针灸学科建设对发展中医药理论、提高中医临床疗效、推动中医药的学术发展有不容忽视的作用。
针灸学是中医药走向世界的先锋，针灸疗法在世界范围内已被广泛应运，但有余其作用机理尚不明确、操作方法缺乏规范性、临床研究缺乏科学性，从而制约了它的进一步发展，也影响了整个中医药学的国际化进程。加强针灸学学科建设，不断丰富针灸学学科内涵，在科学验证的基础上继承本学科内的理论知识和实践经验，同时开拓新的学术领域，用现代科学和生物医学的方法阐明针灸的作用机理，实现知识创新，降提高针灸学学术水平，降使整个中医药学得到世界性关注，促进其国际化发展，也必将对中医药学科学术发展起到重要推进作用。
根据本学科学术发展总目标，确定三年期学科学术发展阶段目标：
1.形成以针灸刺激效应的神经生物学机理研究、针灸方法的规范化标准化研究和针灸方法刺激效应的比较研究为主的稳定明确的研究方向；
2.建立支撑各研究方向的科研项目框架结构，通过科研项目实现各研究方向之间的内在联系和协同合作；
3.建立符合学科学术发展目标的学术梯队；
4.形成以科研为龙头，带动专业建设、教研室建设和课程教材建设、教师队伍建设、研究室和实验室建设、临床基地建设共同发展的框架体系；
5.建立与相关学科的联系，形成多学科交叉渗透研究模式；
6.建立与企业联合的合作开发模式，实现“产、学、研一体化”，在创造社会效益的基础上不断扩大经济效益的产出；
7.初步搭建国际信息交流平台，为开展大范围国内的国际合作与学术交流创造条件。
针灸重点学科学术带头人李学武教授 ，学科带头人朱江教授。
