药学院创建于1998年，是以安徽医科大学省级重点学科、博士和硕士学位授予学科——药理学为依托组建的集教学与科研为一体的教学科研机构。现有基础与临床药理学、药剂学、药物化学、药物分析、中药学、社会药学、中药炮制6个教研室和药物代谢中心、分子药理、药物研究所等研究室、所。现招收药学（临床药理)、药学（药品监督与管理)、药学（药品营销)、中药学4个本科专业；有药学、中药学2个一级学科硕士授权点，7个硕士学位授权点；有药理学博士学位授权点和“药学博士后科研流动站”，现已形成本科、硕士、博士、博士后教育为一体的多层次办学格局www.med126.com，现有在校学生本科生近800人，研究生近100人，已向社会输送22名博士生、52名硕士生以及1000余名本专科学生，是安徽医科大学学位教育最为完备的学院之一。
药学院学科、专业、课程、教学团队建设卓有成效。现有药学一级学科博士点，药学、中药学一级学科学术型、专业型硕士点，国家药品临床研究基地——药理学科；中央与地方共建高校实验中心——药学综合技能实验中心；安徽省级重点实验室——天然药物活性研究重点实验室；国家中医药管理局中医药科研三级实验室——中药药理实验室；安徽省A类重点学科——药理学；安徽省第三批省级重点学科——中药学；国家中医药管理局中医药重点学科建设点——中药药理学学科。安徽省省级教改示范专业——药学（临床药理)专业；教育部、财政部批准的第三批高等学校特色专业建设点——药学专业；省级人才培养模式创新实验区——医药复合型人才培养模式创新实验区。国家级精品课程——临床药理学。国家级教学团队——临床药理学教学团队。
药学院教师队伍结构合理，教学科研成果丰硕。学院现有教职工47名，教师中有教授10名、副教授15名、博士生导师3名、硕士生导师16名，硕士以上学位37名，其中博士学位19名；有安徽省学术和技术带头人1名，安徽省跨世纪学科带头人后备人选2名，教育部骨干教师1名，安徽省省级教学名师2名。目前承担国家自然科学基金资助项目、国家重大基础研究前期（973 前期)研究、国家科技部863资助项目、“重大新药创制”科技重大专项项目等各类自然科学研究项目80余项。2004年以来发表学术论文300余篇，其中SCI源期刊收录40余篇。主编和参编教材、著作30余部。获安徽省自然科学一、二等奖各 1 项，三等奖2项。安徽省省级教学成果奖一等奖2项，二等奖和三等奖各 1 项，安徽省青年科技奖 1 项。已获国家发明专利证书9项。
药学院注重育人环境的培育，培养高素质的社会人才。药学院自创立之初，就非常重视育人文化环境的培育，学院“修身至善，博学悟真，中西兼容www.med126.com，知行并进”的育人理念的厉练过程就蕴涵着育人文化培育过程，学生团体建设是其的一种载体。学院自2000年团总支、学生会成立之后，先后创立了阳光基金会、科学技术兴趣协会、百草园文学社、书画摄影协会、辩论队等学生团体，这些学生团体的建立不仅为学生提供了各种厉练舞台，而且形成了药学院独特的学生团体育人文化。学院先后获得“安徽省先进班集体”称号1次，团总支自2004年连续6年获得校“红旗团总支”称号，2次获得“安徽省先进暑期‘三下乡’服务队”称号，多次获得“学校先进暑期‘三下乡’服务队”称号。学生会在学校三大球——篮球、排球、足球多次获得冠军，在学校文体活动中摘金夺银，争得了荣誉，锤炼了自己。科学技术兴趣协会连续多年在全国和安徽省“挑战杯”创业及科技论文大赛获得优异成绩，先后获得了四个全国铜奖、四个省级金奖、3个省级二等奖；多次代表学校参加省大学生职业规划设计比赛，分获优胜奖和银奖等。阳光基金会自2001年一位学生捐出自己当年2000元奖学金设立以来，全院有数千名学生捐款，捐款额得到数万元，除了资助学院数十名贫困学生外，还资助了龙塘乡两位失学女童达4年多，起到了很好的育人效果。辩论队从2004年至2009年是学校唯一一只连续六年打入学校辩论赛决赛，获得2个冠军、4个亚军，提高了学生的思辩能力。书画摄影协会、百草园文学社在老师的指导下做了大量工作，为学院争得了荣誉，服务了同学，锻炼了自己。已毕业六届毕业生年终就业率基本上保持在百分之百；考研率保持在22%到33%之间，中山大学、中国药科大学、复旦大学、中国科技大学、北京大学等国内著名大学和英国、美国、瑞士、香港等国家和地区都是药学院毕业生考取的研究生。在学校设立的奖学金外，学院还在自“双鹤奖学金”“玉安奖学金”后，自今年开始又设立每年30万元“益佰药学助学金”，每年资助10名当年参加高考、家庭贫困、品学兼优、第一志愿报考药学院各专业并被录取的考生。