1.中西医结合肛肠病诊治 中西医结合肛肠科是浙江省中医药重点学科，同时也是“温州市中西医结合肛肠病诊疗中心”；2007年被评为浙江省中医药攀登工程“中医名科”中的重点学科，2010年9月建设结束，获得“中医重点名科”称号。学科拥有2个现代化的标准住院病区共有70张病床，同时拥有自己独立的手术室及学科研究室，现有医护人员45人，高级职称6人，全国名中医1人，具有博士学位1人、硕士学位6人，硕士生导师2人。
该科是温州地区唯一的大肠、肛门病专科，主要诊疗范围包括：结直肠癌、结肠息肉（腺瘤)、肠梗阻、痔疮、肛瘘、结直肠炎、便秘、便血等。学科自己拥有目前世界上最先进的电子肠镜、电子直肠镜等高精端设备，并率先在省内开展了无痛肠镜检查医学全在,线www.med126.com，受到广大患者的欢迎。近3年来，共承担了省部级、厅局级课题8项；主编医学著作1部，并获华东优秀出版书籍二等奖；获专利1项；获省中医药科技创新一等奖、二等奖各一项。
近年来，学科先后荣获了“温州市青年文明号”、“温州市创建学习型组织先进示范班组”称号，2007年被评为首批院级文明科室。现在，学科的规模、技术水平、学术水平都处于省内领先、国内先进行列。
2.中西医结合内科 研究的主要内容包括：中西医结合内科杂病、中西医结合老年病、中西医结合糖尿病、中西医结合胃肠病等；中西医结合儿科的小儿厌食症、咳喘症、小儿胃肠病等。
温州医学院第二临床学院的中西医结合内科有人员18名，有教授2人、副教授2人、主任医师4人、副主任医师1人。其中，市名中医3人。科室中博士1人、硕士4人、7人已经完成在职硕士研究生课程。学科主要承担中医门诊、中医病房、各病区中医会诊以及教学和科研任务。科室承担多项省级、市级、医学院级的科研课题，主持多项省级中医药继续教育项目。“小儿厌食症重点专科”为浙江省中医药重点专科。温州医学院第一临床学院的中西医结合内科有高级技术人员13人，硕士学位13人，其中国家级名老中医1名 ，温州市名中医2名，温州市优秀中青年中医2名医学全在线搜集整,理www.med126.com，全国老中医专家学术经验继承人2名，浙江省中青年临床名中医1名， 入选温州市“551”人才工程1名，现有浙江省中医药重点专科1个，另有浙江省中医药分子生物学实验室1个。 近三年来，科室成员参与国家级课题3项，主持厅局级课题20项，发表论文50余篇，参与学术交流60余人次，获得各级科技成果4项，科室集体编写专著1部，参编专著5部， 2007年科室被评为浙江省示范中医科。
3.中西医结合康复科 温州医学院附属第二医院中西医结合康复理疗科为浙江省中西医结合颈腰椎病和脊柱康复重点专科，全国针灸临床研究中心温州分中心。主要开展：颈椎病、腰椎间盘突出症及骨关节损伤后康复；脊髓损伤的康复；人工关节置换术后康复及截肢后支具和矫形器康复；骨折愈合期康复（四肢、脊柱、骨盆骨折)及骨折后关节粘连；骨质疏松症、强直性脊柱炎、类风湿性关节炎等。温州医学院附属第一医院的中西医结合康复科为浙江省中医名科，设有风湿骨病专科、颈腰腿疾专科、中风康复专科、软组织伤专科、针灸美容专科。有针灸、推拿、康复、理疗专业医疗人员，其中高级技术人员、硕导2人，硕士学位3人，温州市优秀中青年中医1名，入选温州市“551”人才工程2名，浙江省“151”人才工程1名。科室集医疗、科研和教学于一体，对外交流日益扩大。
