抗体(B细胞)免疫
妊娠第12周，胎儿的骨髓，血液，肝脏和脾脏中已发现有B细胞存在，妊娠第20周时，合成微量的IgM和IgG；妊娠第30周时，合成微量IgA。然而，在正常条件下胎儿处于无抗原的环境中，在宫内仅有少量免疫球蛋白(主要是IgM)产生，因此脐血IgM值升高(＞20mg/dl)提示宫内存在抗原，通常来自于先天性感染。几乎所有的IgG都是通过胎盘从母体处获得的。妊娠22周后，胎盘转运IgG增加，足月婴儿IgG水平相当于或高于母体水平。其中IgG2通过胎盘转运较其他IgG亚类差(IgG1＞IgG3＞IgG4＞IgG2)。早产儿出生时其IgG水平随胎龄而相应减低。
出生后，从胎盘转输来的IgG以半衰期约25天的速度分解，结果到生后2～6月龄时出现"生理性低丙种球蛋白血症"。这种情况在6个月后随着婴儿IgG合成率逐渐超过来自母体抗体的分解率而缓解。但早产儿在生后6个月，可能有较明显的低丙种球蛋白血症。1岁时IgG水平达到成人平均水平的70%左右。IgA，IgM，IgD和IgE都不能通过胎盘，至1岁时，其水平缓慢地从最低值上升到成人的30%。达到成人免疫球蛋白水平的年龄大约是：IgM为1岁，IgG为8岁，IgA为11岁。足月新生儿唾液和胃肠道中分泌型IgA很低或缺失，出生一个月后才开始有分泌型IgA。
新生儿对很多抗原包括疫苗缺乏抗体反应。对多糖抗原如嗜血杆菌属和肺炎球菌的抗体反应在生后2年内很差，但结合的白喉类毒素例外。感染期间，对这些细菌产生的抗体反应，常伴随IgM反应延长，和IgG反应减低。足月新生儿通过被动获得的母体的抗体抵御大多数的病原微生物而获得保护。极低出生体重婴儿由于母体抗体少，并在2～4月龄时消失，没有获得这种保护作用。不过，早产儿对疫苗，如白喉-百日咳-破伤风疫苗和脊髓灰质炎疫苗，能产生反应，虽然他们的反应较足月儿差。
母体免疫的被动转移，如经胎盘转输的IgG抗体和母乳中的免疫因子有助于补偿新生儿免疫系统的不成熟，并使新生儿获得对许多严重的细菌(如肺炎球菌，嗜血杆菌，脑膜炎球菌等)和病毒(如麻疹病毒，水痘病毒等)感染的免疫力。然而，被动获得的IgG偶尔也会抑制新生儿对一些病原体如麻疹或风疹病毒的免疫反应，母乳中含有许多抗微生物因子(如IgG，分泌型IgA，白细胞，补体蛋白，溶菌酶和乳铁蛋白等)，这些物质分布于胃肠道和上呼吸道表面，有助于预防呼吸道和肠道病原体侵入粘膜。当水源可能受到污染时，母乳喂养特别重要。
尽管采用了抗生素以及试图增强新生儿未成熟的免疫功能等方法，由新生儿感染引起的发病率和死亡率仍然很高。最近的研究提示了免疫球蛋白或超免疫球蛋白在某些新生儿感染(如B组溶血性链球菌感染和呼吸道合胞病毒感染)可能具有的作用。虽然有关他们效应的数据尚存在争议，适量地输注白细胞对治疗新生儿脓毒病可能是有效的。当然还需要进一步研究确定这种输注方法的适用条件。
