《伤寒论》厥阴被称为“千古疑案”，细究原因不外三点：一是提纲与篇中其他内容的关系不明确；二是所出方药与主证关系不明确；三是临床证候不明确。加上一些条文与《金匮要略》重复，因此，不少人认为是《金匮要略》的错抄，这实际是否认了厥阴病的存在。
　　其实《伤寒论》由“辨太阳病脉证并治法”等六篇（后人称为“六经”)组成。自晋人皇甫谧最先使用“六经”二字以统括伤寒后，朱肱在《类证活人书》中直以“太阳经”、“阳明经”等称之，汪琥更说“伤寒书止分六经”。自此以下历代医家对《伤寒论》的研究都是在以六经为纲的前提下进行的。六经中每经都有手足两经，并固定有两脏腑与之联系。而经脉则“内属于脏腑，外络于肢节”。它网络全身，运行气血，既有独自的功能，又从属于脏腑功能。而气化则是脏腑经络生理功能和病理变化的概括。脏腑为本，经络为标，气化为用，合而言之，三者的综合涵义即是六经。由于病邪侵犯人体未有不作用于某脏腑经络，扰乱其功能，并通过气化形式反映于外以成证候，因此，抓住脏腑经络气化综合反映，也就抓住了疾病的本质。
　　那么，厥阴是否具有脏腑经络气化这三大要素呢？首先从厥阴的生理病理上看。厥阴处在“两阴交尽，一阳初生”的阴气衰少并向阳转化的生理阶段。此种转化需要结合六经的“欲解时”看，太阳病的欲解时是从巳至未上(约为9点至15点)；阳明病为从申至戌上(约为15点至21点)；少阳病为从寅至辰上(约为3点至9点)；太阴病为从亥至丑上(约为21点到凌晨3点)；少阴病为从子至寅上(约为23点至凌晨5点)；厥阴病为从丑至卯上(约为凌晨1点到7点)。六经“欲解时”是指本经经气自旺之时，正常时无所谓“欲解”。从“欲解时”排列顺序上，至少可以看到：1.一阳初生之气在少阳主令之寅时即已萌发，到厥阴主令的后两个时辰(寅卯)逐渐发展，终于导致了经气的从阴出阳；2.厥阴虽为阴经，但同少阳交叉主令达两个时辰，受少阳影响，这种影响正常时可使阴阳冲和调达，异常时则可出现阴阳的极偏，导致或寒或热证；3.厥阴处于由阴向阳过渡的骨节眼上，此时少阳一线阳气初生(故少阳又称嫩阳，稚阳)，一阴之阴气最少(故称阴尽)，阴阳气均处在低水平的变化阶段。这是厥阴生理上较脆弱，病后变化较多，且多虚证或阴阳混淆、寒热错杂证的生理因素。可见厥阴病的要害是阴阳失调(当然百病皆可谓阴阳失调，但那是从广义而论，不似厥阴病之紧系于阴阳)。人体阳气受太阳影响，病后可得太阳之助而解，也可因正气衰微，外界阳气不助正反助邪而加重，这就是六经“欲解时”是疾病变化关节眼的原因。而太阳升起的时间，虽九州之大，亦大体恒定在丑至辰间。而厥阴主令正处在这个由阴出阳的关键时刻，故病之则阴阳必乱，这是厥阴病的病理关键。
　　其次，从厥阴与少阳的关系看。“厥阴中见少阳”，说明少阳火气对厥阴生理的平衡有着重要作用。厥阴风气行令的三个时辰中，少阳即有两个时辰与其同时主令，可见风中必兼少阳之火，才是和风。此和风乃阴阳调和的象征。唐容川称之谓“少阳之冲气”，人体阴阳的消长平衡与之密切相关，故曰“厥阴不从标本，从乎中也。”若一阳之气当至而不至，病后则为寒风，若至而太过则热化而为热风，这是少阳病进可成厥阴病、厥阴病退可转化为少阳病的原因。
　　厥阴病虽复杂，但不外阴阳错乱、肝脾不和两端。前者反映两阴交尽，一阳初生的生理特点遭到破坏而出现的证侯，后者则反映风木肝脏疏泄失常、或挟肾水侮土等病变。
　　再次，从厥阴的脏腑经络看。厥阴包括手厥阴心包和足厥阴肝经。两经在循行上联系了肝、胆、心包、脾、肺、胃等脏器，通过了少腹、膈、胸中、喉咙、颃颡，目系、头颅、巅顶等部位，与十条经络发生了联系。生理上联系特别广，涉及面特别宽，这是其病后症状复杂、难于简单概括的一个原因。
　　厥阴禀风木而寄相火，下连寒水为乙癸同源，上接心火为母子相应，这是厥阴多寒热错杂的脏腑病理基础。邪入厥阴，或心包火邪上炎而为上热，或火不下达暖肾而为下寒，或肝阳上亢而成风火，或肝阴上逆而为水饮，或挟肾水而为寒厥下利，或挟心火发为热利脓血。
　　至于厥阴的证候类型，人们多认为提纲是讨论上热下寒证的，且既无主方而临床又不易见到，与篇中内容联系不大。但若结合338条看，则理明而义彰矣。338条“蛔上入其膈，故烦”，可理解为提纲之“气上撞心，心中疼热”的变异提法；“得食而呕”即“饥而不欲食”；“又烦者”可看作对“气上撞心，心中疼热”阵发性发作的描记；“蛔闻食臭出，其人当自吐蛔”即所谓“食则吐蛔”；“又主久利”与提纲之“下之利不止”为互文见义之词。这样就会从论脏厥与蛔厥鉴别的条文里看到提纲的主方当指乌梅丸。从而反推出厥、利、呕、烦为厥阴病的主要临床表现，进而确认乌梅丸是厥阴病的代表方。不仅如此，上述认识还可从其它篇先出主方的出方规律得到证明：太阳病先出桂枝汤；阳明病先出承气汤；少阳病出小柴胡汤；太阴病出一桂枝汤鉴别条后，即出“四逆辈”；少阴病先出麻辛附子、麻甘附子两鉴别条后，接着出热化证之黄连阿胶汤，寒化证之附子汤。厥阴篇与上述出方规律完全一致：先针对阴阳混淆，寒热错杂的基本病机出主方乌梅丸后，针对热厥出白虎汤，寒厥出当归四逆汤，再按邪结胸中厥，水停心下厥等一一出方。这个规律不仅说明乌梅丸是厥阴病的主方，同时说明本篇的写作体例也同于前五篇。
　　明确了提纲的主方是乌梅丸后，根据“下利不止”、“饥而不欲食”是下寒证，“消渴、气上撞心，心中疼热”是上热证，从而可进一步领会到，仲景将其列为提纲，确是教人认识厥阴病是以阴阳混淆、寒热错杂为特点的一类疾病。这样，就可通过该篇条文和厥阴的生理病理特点，得出厥阴病的证型当包括阴阳混淆的寒热错杂证，阴阳偏极的或寒或热证，阴阳气不相顺接的厥证(包括阴阳消长的寒热胜复)和肝脾不和的下利吐哕证，从而使厥阴病提纲与全篇的关系，厥阴病的证型和主要症状被充分揭示。
　　厥证少阴也有，不在少阴重点讨论，是因少阴病不能很好地概括厥的病机。337条云：“凡厥者，阴阳气不相顺接。”说明阴阳气之失调，是导致厥的总体原因。而阴阳失调，寒热错杂正是厥阴病的病理特点，故厥阴病篇集中讨论了厥证。换言之，厥乃厥阴病的主证，凡厥阴病未有不存在厥逆症状者。造成厥的原因约有四个方面：即阳气衰无力布散：阴衰火化太过，阴精不能载阳以行，阳气伏郁于内失于布散；阴阳错杂，疏泄功能失常；邪气(水饮、食积，虫症)阻滞，致阳气不能布达。