20世纪50年代以来，流行病学研究中有了比较系统的因果观念，因果关系的模型、推理方法和判定标准一直处于发展之中。流行病学里面的病因（cause of disease)和病因推断（causal inference),实际上是分析流行病学的指导框架和评价准则，对于形成因果思维和正确理解流行病学的研究结果也是至关重要的。病因是原因的一种，这里首先了解一下什么是原因。
现代科学产生了概率论的因果观或称广义因果律：原因就是使结果发生概率升高的事件或特征，即一定的原因可能导致一定的结果。
流行病学的目的是预防疾病。为了达到这个目的必须首先了解疾病是怎样发生的。关于疾病的发生原因自古以来就是医学工作者关心的重要问题。无论是中国还是外国，古代人常将疾病归因于鬼神、上帝及天意，平日靠求神拜佛或祈祷，以期消灾除病。而后，我国祖先创立了阴阳五行学说，将疾病的发生与外环境的物质——金、木、水、火、土联系起来。公元前5世纪，在西方也出现了类似的观点，集中反映在Hippocrates所著的《Airs，waters and place》之中。他们认为疾病与水、土、及风等有关，夏季有脾肿大、发热及腹泻，冬季常引起生痰及喉嘶哑。由此可见，在古代国内外医学专家都注意到疾病与环境有密切的关系。我国古代早就认为山间的“瘴气”是疟疾发生的原因。19世纪上半叶，Sydenham等人关于疾病的“瘴气学说（弥撒唐二)”在西方盛行。人们认为不洁净的水和土壤里散发出来的污浊之气（瘴气)是使人发病的原因。故而强调设法清除贫民窟和其它不卫生的地方的“瘴气”，以期减少疾病。
中国古代历史和西方的圣经里都表明，人们对某些疾病的传染性已有所认识，如对麻风等疾病的病人进行隔离等。意大利Fracastoro（1478-1553)最早提出：特异的疾病与特异的“传染物”有关，Carchano1557年指出：“疾病的种子是能繁殖其本身的微小动物”。Bassi 1816年作蚕的致死疾病的实验，试图找出“活的传染物（contagium vivum)”。1840年Henle回顾并评论了“活的传染物”学说。关于一种微生物是不是某传染病的病原，Koch提出了Koch条件(或称为Henle-Koch氏条件，Koch法则等) Koch原则(Koch`s postulates)：⑴从研究疾病的所有病人中，都发现该病的致病生物；⑵该病不仅能从所研究的疾病的病人体中分离出来，而且能培养出纯种；⑶用此纯种接种至易感动物或人时，必能使该病重新出现。尽管这个法则又将问题绝对化的缺点，但它却反映出当时人们在病因认识方面有不小的进步，即病原微生物是传染病的必要病因，而且每种传染病都有自己的特异的病原微生物。这是关于疾病的生物学病因的重要萌芽，Koch`s postulates在传染病病因学研究中起到了重要作用，曾经被认为是确定病因的经典模式。随着19世纪末期微生物学的出现和发展，欧洲的L.Pasteur和R.Koch等人首先证明动物如牛、羊、蚕等的病和人类的病是由微生物引起感染而发生的。不同种的微生物引起不同种的疾病。于是人们形成了这样的概念，即每种疾病必定是由某一种特异的病原物（如病原微生物)所引起的。这就是“特异病因学说”，也可称之为疾病的单一病因论。由此人们对疾病病因问题的认识又向前进了一步。
宿主 |
病因 环境 |
三角模式经过改进后就出现了疾病的轮状模式。将环境又分为生物、理化和社会，宿主包括遗传内核。轮状模型是从生态观点来考虑疾病发生的。所谓生态学就是研究生物和环境相互关系的一门学科。轮状模式强调环境及环境与机体的密切关系，也就是说健康和疾病是宿主与环境相互作用的产物。环境里的各类病原物包含在生物的、理化的和社会的各种环境之中（轮子)，而机体的轮轴中还含有遗传因子。轮状模型各部分的相对大小可随着不同的疾病而有所变化，例如，在胰岛素依赖性糖尿病中，遗传核比较大；而在麻疹中宿主(免疫状态)和生物环境（空气传播)部分比较大。这种轮状模型的概念显然比三角模式更接近实际，更易于被现代学者们接受。后来人们对病因的概念日渐深化，特别是关于社会环境及遗传因素对人们疾病发生的影响及人们行为的重要性都很有启发。
随着医学的发展，病因又出现了因素模型、病因网络模型。
病因是指那些能使人群发病概率升高的因素，其中某个或多个因素不存在时，人群疾病频率就会下降(这是美国约翰.霍普金斯Johns Hopkins大学流行病学教授Lilienfeld从流行病学角度给出的定义)。流行病学的www.med126.com/zhuyuan/中的病因观点符合概率论的因果观点。流行病学中的病因一般称为危险因素(risk factor)，危险因素的含义就是指使疾病发生的概率升高的因素，也可以说疾病发生危险性升高的因素。
病因模型是用简洁的概念关系图来表达因果关系。它给我们提供了因果关系的思维框架所涉及的各个方面或者因果关系的路径。目前具有代表性的病因模型由三类：
社会经济因素 生物学因素 环境因素 心理、行为因素 卫生保健因素 |
根据生态学模型或者疾病因素模型提供的框架可以寻找多方面的病因，这些病因相互存在与联系，按照时间先后联系起来就构成了一条病因链，多个病因链交错连接起来就形成了一张病因网络，这就是病因网络模型。它提供了因果关系的完整路径。如果对病因做一个系统探索，就必须建立病因网络，才能进行全局的观察，如果不建立病因网络模型，必然对病因的理解陷入片面。例如肝癌的病因网络可以看成由三条主要病因链交错形成，三条病因链的起始段分别为乙型肝炎病毒感染、黄曲霉毒素污染和引水中的藻类毒素。病因网络模型的优点是表达清晰具体，系统性强，能为阐述因果关系提供良好的基础。控制病因网络中的因素可以控制和预防疾病。
机械决定论将原因分为充分原因和必要原因。类似地，病因也可以分为充分病因和必要病因。充分病因(sufficient cause)是指有该病因存在，必定（概率为100%)导致疾病发生。必要病因(necessary cause)是指由相应疾病发生，以前必定（概率为100%)有该病因存在。
……
总之，我们应该放弃决定论的充分病因和必要病因概念，而对病因的充分性和必要性进行概率测量。
因果联系的方式存在着一些观点：
这是传统的病因观点，也是因果特异性概念的根源。单因单果是不存在的，是错误的观念。以这种模式来思考或研究病因，只能得到片面或错误的结论。
单一病因引起多种疾病，吸烟——〉肺癌、慢性支气管炎和冠心病。他从病因的多效应方面看问题是正确的。
多个病因引起单一疾病。例如高血压、高脂血症、肥胖、高胰岛素血症……。从疾病的多因性来看是正确的。但是这些病因并非仅仅导致单一的疾病。
多因单果、单因多果都各自反映了事物的某一个正确方面，具有片面性。
多个病因引起多种疾病。例如，高脂膳食、缺乏体力活动、吸烟、饮酒引起脑血栓、心肌梗死、大肠癌等等。这种观点实际上是将单因多果与多因单果结合在一起的观点，他全面反映了事物的本来面目。
静脉注射吸毒——〉共同使用注射器——〉注射器污染HIV——〉病毒感染——〉艾滋病发作——〉激发感染——〉死亡。当然HIV感染与艾滋病发作之间还插入了CD4T细胞被破坏这个因素，那么HIV感染变成了间接病因。也就是说，直接、间接病因的区别是相对而言的。(HIV激发感染的问题)
近因：比较直接的病因离疾病的结果较近。多数情况下是指微观的致病机制因素；远因：比较间接的病因离疾病结果远。多数情况下是指宏观的流行病学上的危险因素。
多因多果与直接、间接病因（病因链)结合起来就形成了病因网络。一般情况下，医学各研究领域所涉及的病因只可能是病因链的某一个环节（段)，或者病因网络中的某一个部分，只有综合起来才能看到全貌。那些只把致病机制的近因看成是病因的观点，显然是错误的。
整个流行病学病因研究过程可以分为三部分：①根据病因模型构想可能的病因；②描述流行病学提出病因假设，分析、实验流行病学验证假设；③根据病因判定标准做出综合判定。整个病因探讨的过程是一个从现象到本质、由浅入深的过程，病因的论证强度逐步增强。虽然实验流行病学研究对病因能够提供很高论证强度的证据，但是由于医学伦理学和可行性的问题，实施实验流行病学很困难。因此，流行病学病因研究大多数使观察性研究，从临床对许多病理的观察、生态学研究、横断面研究、病理对照研究、队列研究，因果论证强度呈现递增顺序。在这些病因研究中主要运用两种推力方法：假设演绎、Mill准则。
描述流行病学研究包括临床多病理观察、生态学研究和横断面研究等等。这些研究之所以称之为“描述”的，是因为它们主要陈述疾病的现象，一般不涉及疾病本质的因果关系；他们能够提供病因分析的初步线索，形成病因假设。假设是在为数不多的经验事实以及现有理论的基础之上，通过逻辑推理（包括Mill准则)或者创造性想象等各种方法而形成的。形成假设之后，用分析流行病学研究进行检验。对描述和分析流行病学研究起到衔接作用的逻辑方法，就是假设演绎法。
假设演绎法的整个推论过程为：从假设演绎地导出具体的证据，然后用观察或者实验检验这个证据，如果政局成立，则假设就可能成立。从一个假设可以退出多个具体的证据。例如：对于假设H：乙型肝炎病毒持续感染导致原发性肝癌；根据假设H，加上相关的背景知识，演绎地推导出若干具体经验证据E1(肝癌病例组的HBV感染率高于对照组=病例对照研究的内容)、E2（HBV肝炎组肝癌发生率高于非感染组=队列研究的内容)、E3(控制HBV感染后，人群肝癌的发生率下降=实验流行病学内容)。如果证据E1、E2、E3成立，则假设H也获得较高强度的支持。所以，假设演绎的推理形式为：
1 得到假设H，并且如果H则证据E；所以推出证据E
2 获得证据E，并且如果H则证据E；所以假设H成立
如果具体证据经过检验不成立或者被否定了，又怎样下结论呢？……P36
分析流行病学研究包括病例对照研究和队列研究，这里的“分析”是指“比较”，通过比较发现差异，测量研究因素与疾病的关联或者相关程度，从而检验或者验证病因假设。分析流行病学的比较推理，是从Mill准则发展而来的，也就是科学实验五法：求同法、差异法、同异并用法、共变法和剩余法。
在不同情况下寻找共同因素。
例如白血病：放射工作者、胎期母亲受到X线照射、日本原子弹幸存者等等白血病的发病率都高，这就意味着放射线暴露可能是白血病的致病因素。
事件（病例A) 有关（暴露)因素
对象1 A,B,C a,b,c A,B,C,D,E,F,G事件特征
对象2 A,D,E a,d,e
对象3 A,F,G a,f,g
所以，a使A的影响因素
从同中求得差异。同一类人群中或生活在同一环境中的两种人群中某病的发病率有差异，在一部分人中有某因www.med126.com/pharm/素存在而在另一部分人中没有某因素，则该因素可能是某病的病因。
例如察布查尔病流行，居住在新疆察布查尔这个区域的有汉族、锡伯族等等，但是在这同一个地区中，锡伯族得该患病率比其他民族高，民族之间到底有什么不同而导致了同一个地域的不同发病率呢？特殊食物___米送乎乎（一种面酱)——肉毒杆菌。
求同法和差异法并用
某病的分布特点与另一种疾病相似，可考虑两种疾病有共同的致病因素。如非洲Burkitt淋巴肿瘤的地区分布于黄热病、疟疾相似，因此考虑该病与虫媒传播性疾病有关。以后在该种疾病的组织中发现了EB病毒。但是EB病毒不是虫媒病毒。由于又发现本病与疟疾分布相符合，因此，联想到本病与疟疾是否有关系，从而提出假设：当EB病毒感染正常组织的时候，往往不致病，但是当EB病毒感染了被慢性疟疾引起的免疫性改变的淋巴细胞之后，就可能产生恶性淋巴瘤，这个假说与现有的流行病学调查和实验结果相符合。
可以看作求同法的特例。如果某病发病率随着因素数量的变化而变化，则该因素就可能为该病的致病因素。
可以看作差异法的特例。在可疑的致病因素中，逐一排除，剩下的最后一个因素则可能是某病的致病因素。
一个病因研究本身必须要达到或部分达到第1、2（或者3、4)条标准（前因后果、广义关联强度)，如果符合第一条（终止效应)则更好；第5、6条标准（重复性、合理性)是病因研究的外部评价，如果不吻合则因果关联的可信度降低。第8条的“特异性”标准，在现代流行病学病因研究中应当放弃。
1：根据病因模型构想可能病因 2：描述——〉假设，分析验证 3：综合判定
